लखनऊ और जौनपुर जैसे शहरों के अनुपचारित घरेलू सीवेज और औद्योगिक अपशिष्टों के अनियंत्रित विसर्जन के कारण गोमती नदी का जल अत्यंत विषैला हो चुका है। प्रदूषण की भयावहता को देखते हुए इसे 'जैविक आपदा' का दर्जा दिया गया था (यूपीपीएससी ने गोमती को सही उत्तर माना)।